:@@@@@+ @@' @@@# :@@@ @@` @@@@@@@@@@@@` `@@@@@@@@@. ,@@@ :@@@@` @@@@@ ,@@+ `@@@@@@@@@@@@; .@@@@@@@@@@@ ,@@@ @@@@@+ @@@@@` ,@@+ `@@@@@@@@@@@@' @@@@@@@@@@@@ ,@@@ @@@@@@ @@@@@# ,@@+ @@@@@@@@@@@@, @@@@@ @@ ,@@@ `@@@@@@ @@@@@@ ,@@+ '@@@ @@@@ # ,@@@ ;@@;@@@. @@@@@@, ,@@+ '@@@ '@@@` ,@@@ @@@`@@@+ @@@'@@@ ,@@+ '@@@ @@@@ ,@@@ @@@ :@@@ @@@`@@@ ,@@+ '@@@ @@@; ,@@@ `@@@ `@@@ @@@ @@@+ ,@@+ '@@@ @@@` ,@@@ '@@' @@@, @@@ ;@@@ ,@@+ '@@@ `@@@ @@@@@@@ ,@@@ @@@` @@@# @@@ @@@, ,@@+ '@@@ `@@@ @@@@@@@ ,@@@ @@@ :@@@ @@@ @@@@ ,@@+ '@@@ `@@@ @@@@@@@ ,@@@ `@@@ `@@@ @@@ .@@@ ,@@+ '@@@ `@@@` .@@@ ,@@@ '@@' @@@: @@@ @@@;,@@+ '@@@ @@@, .@@@ ,@@@ @@@@@@@@@@@# @@@ +@@@.@@+ '@@@ @@@+ .@@@ ,@@@ @@@@@@@@@@@@ @@@ `@@@.@@+ '@@@ @@@@ .@@@ ,@@@ .@@@@@@@@@@@@ @@@ @@@+@@+ '@@@ :@@@; .@@@ ,@@@ +@@@@@@@@@@@@; @@@ :@@@@@+ '@@@ @@@@. .@@@ ,@@@ @@@, @@@@ @@@ @@@@@+ '@@@ +@@@@@ ;@@@@ ,@@@ @@@ +@@@ @@@ @@@@@+ '@@@ @@@@@@@@@@@@ ,@@@ .@@@ `@@@` @@@ .@@@@+ '@@@ @@@@@@@@@@@ ,@@@ #@@# @@@' @@@ @@@@+ '@@@ :@@@@@@@. .@@@ #@@, @@@# @@@ .@@@. ;@@@ __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________ GIANT v1.0 - GuImerą Amaral NeTwork __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________ Author: Fabio Cumbo __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________ For Cytoscape 2.8.3: For the proper plugin functioning, it's necessary to install GIANT using the "Install Plugin from File" button under the "Plugins" menu in the Cytoscape menu bar. Requirements (2.8.3): 1. Java Runtime Environment 5 or upper version. 2. Cytoscape v2.8.3 or older version. For Cytoscape 3.0.0: For the proper plugin functioning, it's necessary to install GIANT using the "Install from File..." button in the App Manager under the "Apps" menu in the Cytoscape menu bar. You have to load a network before using GIANT. Requirements (3.0.0): 1. Java Runtime Environment 7 or upper version. 2. Cytoscape v3.0.0 __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________ NOTES AND TECHNICAL DETAILS __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________ - Network File Format: GIANT uses the classic Cytoscape Network Importer to load a network. Please see the Cytoscape documentation for more details. - Clusters File Format: Internally, the clusters file uses a tab separated value standard. An example is shown below: node0 1 node1 1 node2 1 node3 2 node4 2 For each line, the first element corresponds to the node and the second element corresponds to the specified cluster. - Attributes File Format: GIANT is able to take in input a Cytoscape nodes attributes file. An example is shown below: First line must be the header and the first element must be "ID": ID Attribute1 ... AttributeN node0 value0.1 ... value0.n node1 value1.1 ... value1.n node2 value2.1 ... value2.n __________________________________________________________________________________________________________________ __________________________________________________________________________________________________________________